Tính đến năm 2013, không có phân loại rõ ràng về thực phẩm biến đổi gen và các phân loại khác nhau có thể được thực hiện theo các tiêu chuẩn khác nhau theo thực tế.
Theo liệu thực phẩm biến đổi gen có chứa nguồn biến đổi gen như tiêu chuẩn hay không, nó có thể được chia thành ba loại khác nhau sau:
(1) Thực phẩm biến đổi gen không chứa thực phẩm biến đổi gen đề cập đến thực phẩm có nguồn gốc từ các sinh vật biến đổi gen, nhưng bản thân các sản phẩm không chứa bất kỳ gen chuyển giao nào.
(2) Thực phẩm biến đổi gen có chứa các thành phần biến đổi gen, nhưng đặc điểm của chúng đã được thay đổi trong quá trình chế biến và các gen hoạt động được chuyển giao không còn tồn tại trong thực phẩm biến đổi gen.
(3) Thực phẩm biến đổi gen có chứa các thành phần di truyền hoạt động. Sau khi con người ăn các sinh vật hoặc thức ăn biến đổi gen như vậy, các gen được chuyển giao và gen vốn có của các sinh vật sẽ ảnh hưởng đến cơ thể con người.