Những người phản đối thực phẩm biến đổi gen liên quan đến một loạt các nhóm lợi ích, từ Greenpeace đến hiệp hội nông dân đến các nhà thờ Kitô giáo, v.v. Sự phản đối của họ tập trung ở ba khu vực:
Đầu tiên, sửa đổi di truyền là chống lại tự nhiên và do đó có hại. Những người ủng hộ phản đối rằng cây trồng ngày nay không còn là giống nguyên thủy, nếu không các loại rau mà mọi người ăn phải giống như cỏ mà động vật ăn.
Thứ hai, sau khi các gen có khả năng kháng thuốc diệt cỏ hoặc chức năng diệt sâu bệnh độc hại được đưa vào thực vật, thực phẩm chúng cung cấp có an toàn cho con người không? Đáp lại điều này, những người ủng hộ nhấn mạnh rằng cho đến nay, không có tổ chức nghiên cứu đủ điều kiện nào tìm thấy bằng chứng cho thấy thực phẩm biến đổi gen gây hại cho sức khỏe con người, nhưng tác động lâu dài của chúng chỉ có thể được suy ra và rất khó để có được bằng chứng toàn diện để thuyết phục mọi người.
Thứ ba, có thể việc quảng bá thực vật biến đổi gen quá vội vàng ảnh hưởng đến nông nghiệp và môi trường sinh thái? Việc thúc đẩy các loại cây trồng biến đổi gen có khả năng chống lại thuốc diệt cỏ có thể khuyến khích nông dân lạm dụng thuốc diệt cỏ, khiến một số loại cây trồng không chính bị tổn hại hoặc thậm chí tuyệt chủng. Nhiều nông dân ở các nước đang phát triển đã sử dụng các loại cây trồng không chính như thực phẩm bổ sung hoặc làm thức ăn chăn nuôi. Cơ quan Quản lý Thủy sản và Động vật hoang dã Hoa Kỳ đã phát hiện ra rằng 74 loài thực vật bị ảnh hưởng bởi thuốc diệt cỏ và có nguy cơ tuyệt chủng.