Các gen có chức năng đặc biệt "nổi" với các chủng thực vật hoang dã tương tự, làm cho chúng có khả năng chống thuốc diệt cỏ và khó kiểm soát; hoặc gây sâu bệnh để sản xuất kháng thể chống lại thuốc trừ sâu. Ngoài ra, một số sinh vật nhỏ có thể bị tuyệt chủng sau khi ăn thực vật biến đổi gen với chức năng diệt côn trùng. Những người ủng hộ chỉ ra rằng bản thân sản xuất nông nghiệp là một hoạt động gây hại cho môi trường và cây trồng biến đổi gen sẽ không gây ra nhiều thiệt hại cho môi trường hơn nông nghiệp truyền thống. Thực vật có khả năng chống côn trùng, và nông dân có thể giảm phun thuốc trừ sâu, có lợi cho môi trường và bảo vệ sinh học.
Những tranh chấp như vậy không dễ để đưa ra kết luận trong một thời gian ngắn. Tranh cãi về cây trồng biến đổi gen nên được cho là một hiện tượng bình thường. Trước hết, bản thân các giống mới được phát triển không hoàn hảo, và tác động trung và dài hạn của chúng đối với cơ thể con người và môi trường vẫn còn được nhìn thấy. Mọi người bày tỏ mối quan tâm của họ vì những lý do chính đáng. Thứ hai, sẽ luôn có một số người bảo thủ không quen với các sản phẩm công nghệ mới và từ chối chấp nhận chúng. Sau đó là tác động của xung đột lợi ích thương mại. Chính phủ và các nhóm lợi ích của một số quốc gia sử dụng sự bất cập của thực phẩm biến đổi gen để chống lại chiến tranh thương mại, làm cho mọi thứ trở nên phức tạp hơn.