Những người phản đối thực phẩm biến đổi gen liên quan đến nhiều nhóm lợi ích, từ tổ chức Hòa bình xanh cho đến nông dân' các hiệp hội đến các nhà thờ Thiên chúa giáo, v.v. Sự phản đối của họ tập trung ở ba lĩnh vực:
Thứ nhất, biến đổi gen là chống lại tự nhiên và do đó có hại. Những người ủng hộ bắt bẻ rằng cây trồng của&# 39 ngày nay không còn là giống nguyên thủy nữa, nếu không thì những loại rau mà mọi người ăn phải giống với cỏ mà động vật ăn.
Thứ hai, sau khi các gen có chức năng kháng thuốc diệt cỏ hoặc diệt sâu bệnh độc hại được đưa vào cây trồng thì thực phẩm chúng cung cấp có an toàn cho con người không? Đáp lại điều này, những người ủng hộ nhấn mạnh rằng cho đến nay, chưa có cơ sở nghiên cứu đủ điều kiện nào tìm ra bằng chứng cho thấy thực phẩm biến đổi gen gây hại cho sức khỏe con người, nhưng chỉ có thể suy ra tác động lâu dài của chúng, và rất khó có được bằng chứng toàn diện để thuyết phục người dân.
Thứ ba, phải chăng việc quảng bá cây trồng biến đổi gen quá vội vàng ảnh hưởng đến nông nghiệp và môi trường sinh thái? Việc quảng bá cây trồng biến đổi gen có khả năng kháng thuốc diệt cỏ có thể khuyến khích nông dân lạm dụng thuốc diệt cỏ, do đó gây hại hoặc thậm chí làm tuyệt chủng một số cây trồng không chính. Nhiều nông dân ở các nước đang phát triển đã và đang sử dụng những cây trồng không chính như vậy làm thức ăn bổ sung hoặc làm thức ăn chăn nuôi. Cơ quan quản lý động vật hoang dã và thủy sản Hoa Kỳ đã phát hiện ra rằng 74 loài thực vật đang bị đe dọa do tác động của thuốc diệt cỏ.